原因判明。Eclipse3.0M8〜M9にわたって、プラグイン・マニフェストファイルエディタにバグがあるみたいで変なバリデーションかけてせっかく設定した依存性をすべてクリアしてくれます。また、Exportがさらにうまくなくて配布したものが動かなくなってしまう…